Bugfix for CollectRNAmetrics (Picardtools)

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Bugfix for CollectRNAmetrics (Picardtools)

Previti
Dear all,

I just fixed a bug that prevented CollectRNAmetrics (a Picard-Tool, galaxy version 2.7.1) from working with  GTF annotation files:

The pre-processing step that converts gtf  to the genepred format needs two extra parameters (marked red):

gtfToGenePred -genePredExt -geneNameAsName2 'test.gtf' refFlat.tab.raw

The format of my GTF is:


Seqname Source Feature Start End Score Strand Frame Attributes
3R FlyBase gene 722370 722621 . - . gene_id "FBgn0085804"; gene_name "CR41571"; gene_source "FlyBase"; gene_biotype "pseudogene";


I'm assuming this is the "standard" GTF format (according to ensembl)

How's the best way to make this type of thing known...?

Cheers,
Christopher

--
Dr. Christopher Previti
Genomics and
Proteomics Core Facility
High Throughput Sequencing (W190)
Bioinformatician

German Cancer Research Center (DKFZ)
Foundation under Public Law
Im Neuenheimer Feld 580
69120 Heidelberg
Germany
Room: B2.102 (INF580/TP3)
Phone: +49 6221 42-4661

christopher.previti@...
www.dkfz.de

Management Board: Prof. Dr. Michael Baumann, Prof. Dr. Josef Puchta
VAT-ID No.: DE143293537

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Sie kann vertrauliche und/oder nur für den/die Empfänger bestimmte Informationen enthalten. Sollten Sie nicht
der bestimmungsgemäße Empfänger sein, kontaktieren Sie bitte den Absender und löschen Sie die Mitteilung.
Jegliche unbefugte Verwendung der Informationen in dieser Nachricht ist untersagt.



    

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Re: Bugfix for CollectRNAmetrics (Picardtools)

Björn Grüning-3
Hi,

the best way is to fix the upstream tool definition.

https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/blob/master/tools/picard/picard_CollectRnaSeqMetrics.xml

A pull request would be great!
Thanks,
Bjoern

Am 29.01.19 um 11:21 schrieb Previti:

> Dear all,
>
> I just fixed a bug that prevented CollectRNAmetrics (a Picard-Tool,
> galaxy version 2.7.1) from working with  GTF annotation files:
>
> The pre-processing step that converts gtf  to the genepred format needs
> two extra parameters (marked red):
>
> gtfToGenePred-genePredExt -geneNameAsName2  'test.gtf' refFlat.tab.raw
>
>
> The format of my GTF is:
>
>
> Seqname Source Feature Start End Score Strand Frame Attributes
> 3R FlyBase gene 722370 722621 . - . gene_id "FBgn0085804";
> gene_name "CR41571"; gene_source "FlyBase"; gene_biotype "pseudogene";
>
>
>
> I'm assuming this is the "standard" GTF format (according to ensembl)
>
> How's the best way to make this type of thing known...?
>
> Cheers,
> Christopher
>
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> Sie kann vertrauliche und/oder nur für den/die Empfänger bestimmte
> Informationen enthalten. Sollten Sie nicht
> der bestimmungsgemäße Empfänger sein, kontaktieren Sie bitte den
> Absender und löschen Sie die Mitteilung.
> Jegliche unbefugte Verwendung der Informationen in dieser Nachricht ist
> untersagt.
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Re: Bugfix for CollectRNAmetrics (Picardtools)

Previti
Ok, made a pull request (#2263) for your consideration.

Cheers,
Christopher

On 1/29/19 11:52 AM, Björn Grüning wrote:
Hi,

the best way is to fix the upstream tool definition.

https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/blob/master/tools/picard/picard_CollectRnaSeqMetrics.xml

A pull request would be great!
Thanks,
Bjoern

Am 29.01.19 um 11:21 schrieb Previti:
Dear all,

I just fixed a bug that prevented CollectRNAmetrics (a Picard-Tool, galaxy version 2.7.1) from working with  GTF annotation files:

The pre-processing step that converts gtf  to the genepred format needs two extra parameters (marked red):

gtfToGenePred-genePredExt -geneNameAsName2  'test.gtf' refFlat.tab.raw


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Seqname     Source     Feature     Start     End     Score     Strand     Frame     Attributes
3R     FlyBase     gene     722370     722621     .     -     .     gene_id "FBgn0085804"; gene_name "CR41571"; gene_source "FlyBase"; gene_biotype "pseudogene";



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Cheers,
Christopher

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